2012年12月1日成功启动“营业税改征增值税”试点以来， 主要存在以下问题：

1、少部分纳税人税负上升

试点后，虽然大部分试点行业的绝大部分企业税负呈下降趋势，但纳税人税收负担轻重变化存在着行业不均衡和个体差异的问题，确有一小部分企业税负是增加的，以交通运输企业为主，交通运输业企业抵扣项目不足，整体税负略有增长。究其原因，主要是该企业实际取得的可抵扣项目较少，一是由于该企业大部分从事跨地区运输，为图方便一般从途经的外地加油站购买汽油或临时在修车店修理车辆，因种种原因限制无法充分取得可以抵扣的燃油或维修的增值税专用发票；二是原本挂靠在该企业经营的车辆较多，近期没有更新购买交通工具；三是占物流企业成本较大比重的人力成本、路桥费、房屋租金、保险费等其他经营成本并不属于增值税可抵扣进项的范围。

 2、过渡性财政扶持政策未落实到位

为平稳有序地推进我市试点改革，根据浙江省财政厅、浙江省国家税务局、浙江省地方税务局《关于实施营业税改征增值税试点期间过渡性扶持政策的通知》精神，台州市本级于2013年1月10日相应出台了《台州市财政局、台州市国家税务局、台州市地方税务局关于实施营业税改征增值税试点期间过渡性财政扶持政策的通知》，对市区试点改革过程中确因新老税制转换增加税负的试点企业，在试点期间实施过渡性财政扶持政策，为此设立了“试点财政扶持资金”，专项用于对本级税负增加试点企业的财政扶持，以避免加重税负。目前，虽然税负增加的试点纳税人普遍表达了对企业税负增加部分能尽早享受财政补贴的迫切愿望，但台州各县（市）当地的财政部门还未及时制定相应具体的政策实施文件，未真正将财政扶持政策落实到位，企业还无从办理申请手续。而且由于有些企业实际情况比较复杂，补贴缺乏依据，实际操作难度较大。也有些企业自身管理不规范，可能会因怠于取得和认证增值税专用发票而无法获得补贴。

3、税收征管方面

（1）货物运输业方面。一是货物运输业代开扣缴倒挂，可能导致虚开现象发生；货物运输业经营者多，比较分散，各种挂靠、出租现象普遍存在，税收征管存在盲点；原地税部门对货运发票管理比较宽松，给虚开发票有机可乘，并给发票管理带来困难等。

（2）进项抵扣方面.试点企业在抵扣进项税额时，必须满足规定范围、规定时限、规定凭证三个条件，否则将无法正常实现抵扣。由于企业对增值税政策的不了解，很容易出现不按规定的各类问题。

（3）差额征税管理方面

一是差额征税管理没有详细操作细则，也没有经验可以借鉴，如何管理不明确。该规定作为减轻税负的过渡性政策，试点期间为平衡试点和非试点地区的政策予以保留，给虚开专用发票创造了空间。二是由于扣除范围不同，文化事业费的计费依据（扣除对象不分试点与非试点）与广告业增值税计税依据（扣除对象仅指试点纳税人）不同，容易造成征管漏洞。

（4）税率方面

一是税率档次过多提高了征管成本，企业纳税遵从度也会降低，如客运站既有3%的简易征收率，也有6%的广告收入，也有17%的车辆维修等收入，有些项目划分比较模糊，在实际操作中容易出错，造成税收风险。二是当前的试点引入了11%和6%两档新税率，同时，试点与非试点区域之间存在政策差异，增值税抵扣不统一，造成了不同地区不同行业税负不均。还会造成新的重复征税和税负不公，破坏增值税抵扣链条的完整性。